O Colégio Clita Batista adota a metodologia pedagógica sócio-interacionista para o trabalho com os alunos do Ensino Fundamental Menor.

A proposta pedagógica do Ensino Fundamental Menor do Colégio privilegia o ensino enquanto construção do conhecimento, o desenvolvimento pleno das potencialidades, habilidades e competências do aluno e sua inserção no ambiente social, utilizando, para isso, os conteúdos curriculares da base nacional comum, os temas transversais, trabalhados em sua contextualização e desenvolvimento de projetos, visando ao complemento, enriquecimento do currículo e a prática escolar.